2020年，网络已成为人类生活中不可或缺的一部分。然而，人们并不知道，在网络的另一端，隐藏着一个无限延伸的神秘世界——数码世界，以及居住其中的数码宝贝们。某日，以首都圈为中心爆发了大规模的网络故障。居住在东京近郊塔式公寓的小学五年级学生八神太一，为了让周末的夏令营做准备而独自留在家中。此时，前往涩谷的母亲和妹妹小光坐上了突然失控、无法停车的电车。为了解救身处险境的家人，太一急忙赶往涩谷，却在冲向车站月台的瞬间，被一股不可思议的力量卷入了数码世界。在这里，被选召的孩子们将与各自的搭档数码兽命运般地相遇。一场充满未知与奇迹的奇幻冒险，就此拉开帷幕！
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