原作：XEBEC　総監督：能戸隆　監督：羽原信義　シリーズ構成：冲方丁　キャラクターデザイン：平井久司　メカニックデザイン：鷲尾直広　プロップデザイン：白井瑠子　色彩設定：関本美津子故事延续自剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的两年后。昔日与来主操的邂逅，让龙宫岛获得了与异星存在“Festum”对话的手段，也为这座岛屿的命运带来了全新的可能性。阿尔维斯的孩子们在日复一日地筹备战斗的同时，不断摸索着理解敌人的方法。两年后的如今，龙宫岛获得了更为深远的进化——能够理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当这两人命运交汇之时，通往新世界的大门将就此敞开。时间来到2150年6月25日，在残存人类极少的生存圈中，夏威夷岛遭到了菲斯特姆的猛烈袭击。新联合国无情下达了“交战规定Alpha”命令，竟要将整座岛屿连同生存者一并烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名被菲斯特姆守护着的神秘少女。一年后，龙宫岛再度从世界的视野中隐去了身影，度过着与往昔并无二致的和平岁月。在与来主操的对话之后，一骑等人卸下了重担，走下法芙娜，将广登等后辈视为岛防的中坚力量。然而，随着一架不明输送机的意外造访，龙宫岛的宁静被彻底打破，他们再度被卷入残酷的战争漩涡！为了救援被菲斯特姆追赶的人类军输送机，法芙娜部队时隔两年准备出击。广登、里奈、晖、芹以及真矢五台机体迎战人面狮身型敌人。面对时隔两年的战争，广登等人并未感到兴奋，却依然面带笑容地乘上了法芙娜。战斗初期，法芙娜部队逐渐取得优势，但累积了战斗经验的敌人迅速学得新战术并加以运用。不久后，战况急转直下，岛上的驾驶员们面对前所未见的战法陷入了深深的困惑。就在此时，意想不到的增援破空而至，与法芙娜部队会合，开始援护广登等人。而抵达龙宫岛的光弘等人类军驾驶员，也在此刻造访了品茶乐，命运的齿轮在对话与代价中轰然转动，等待着这群少年的，将是更为凄绝的生死存亡之战。