游戏业界是一个与现实相异的奇妙世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee。四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期的霸权战争。然而，因战败而失去记忆的女神涅普缇努流落至下界，由此展开了一段充满幻想与奇遇的冒险之旅。在经历了一场跨越零次元的危机后，游戏业界暂时迎来了过渡期。然而，关于四位女神的流言蜚语开始在各地蔓延。为了冲淡这些负面谣言，涅普缇努召集了另外三位女神，在Planeptune举办了一场盛大的庆典。庆典顺利推进至最后一天的比武决赛，四位女神正准备在擂台上一教高下，此时，四位自称“The Gold Third”的神秘人物突然闯入会场，向女神们发起了挑战。女神们毫不犹豫地应战，却意外地被对方一招击败。伴随着一场神秘的对话——某个巨大的机甲与神秘女声正探讨着这个世界的新秩序——涅普缇努从昏迷中醒来，发现远方不知何时拔地而起四座神秘高塔。在确认其他女神均相安无事后，大家决定各自返回领地，探查这场突如其来的变故。