高中生侦探工藤新一在与青梅竹马的毛利兰一同游乐园游玩时，意外目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的他，却忽略了从背后接近的另一名同伙，不幸被击晕并灌下神秘毒药。当他醒来时，身体竟不可思议地缩小成了小学生！为了防止黑衣组织察觉自己还活着而危及身边的人，新一在阿笠博士的建议下隐瞒身份。博士还为他量身打造了诸多实用的间谍道具。一日，前来寻找男友下落的小兰在阿笠博士家撞见了新一，情急之下，新一化名为江户川柯南。为了暗中搜集黑衣组织的情报，柯南寄住在了父亲毛利小五郎——一名私家侦探的家中，借此跟随其四处办案，追查那些以酒名作为代号的犯罪团伙的下落，期盼有朝一日能找回解药恢复原状。在此期间，柯南结识了步美等小学生同伴，他们共同组建了少年侦探团。谜团重重的黑衣组织真面目究竟如何？小小侦探江户川柯南向罪犯宣战的精彩活跃，就此拉开序幕！
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